J'ai eu le même questionnement il y a peu, et je ne suis pas passée par un logiciel de compression (pour moi non plus, ça n'a pas réduit de manière significative la taille finale du PDF).
Alors il existe une solution alternative : il faut réduire la taille des JPEG d'origine avant de recréer un fichier PDF. Perso j'avais des JPEG A4 scannées à 300 dpi, je les ai réduites à 150 dpi, et la taille du PDF s'en est trouvée grandement réduite elle aussi. Si ça ne suffit pas, passer les JPEG à 72 dpi. J'imagine que tes PDF ont pour but d'être envoyés par mail, donc comme les écrans d'ordinateurs sont généralement à 72 dpi, le lecteur ne verra pas de différence...