Récupération de ligne pattern colonne

Fermé

irishupk Messages postés 25 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020 - 21 mai 2019 à 19:49
lEprofSonDkon Messages postés 211 Date d'inscription jeudi 13 décembre 2018 Statut Membre Dernière intervention 8 octobre 2022 - 22 mai 2019 à 18:55

Bonjour,

je souhaiterai récupérer dans un fichier les lignes de mon document qui ont dans la colonne 1 le chiffre 2.

Les colonnes sont toutes séparées par une tabulation.

J'ai essayé grep, awk, sans succès.

1 2337194 . C T . .
2 2337197 . A G . .
1 2337199 . A C . .

ainsi, dans cet exemple je ne veux récupérer que la deuxième ligne car c'est la seule qui contient 2 dans sa première colonne

ce que j'ai essayé :

 awk '$1 ~ /2/ { print $0 }' GQPDOMB.vcf >2.txt

ce qui marche mais je récupère toutes les lignes où il y a un 2 donc 12, 22, etc ...

alors que moi je voudrai strictement 2,
comment faire ?

Merci de votre aide

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1 réponse

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zipe31 Messages postés 36402 Date d'inscription dimanche 7 novembre 2010 Statut Contributeur Dernière intervention 27 janvier 2021 6 407
21 mai 2019 à 21:26

Salut,

Les colonnes sont toutes séparées par une tabulation.

Alors faut le lui dire ;-\

awk -F'\t' '$1 ~ /2/ { print $0 }'

lEprofSonDkon Messages postés 211 Date d'inscription jeudi 13 décembre 2018 Statut Membre Dernière intervention 8 octobre 2022 13
21 mai 2019 à 21:40

bof

$ cat -A /tmp/fichier
1^I2337194^I.^IC^IT^I.^I.$
2^I2337197^I.^IA^IG^I.^I.$
1^I2337199^I.^IA^IC^I.^I.$

awk '$1 ~ 2' /tmp/fichier
2       2337197 .       A       G       .       .

irishupk Messages postés 25 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020 1
21 mai 2019 à 23:04

Cette commande est équivalente à celle que j'ai proposée lors de ma question avec la même problématique, il n'y a pas que les lignes avec le 2 de trouver mais toutes les lignes contenant un 2 (donc 12, 22, ...)

irishupk Messages postés 25 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020 1 > lEprofSonDkon Messages postés 211 Date d'inscription jeudi 13 décembre 2018 Statut Membre Dernière intervention 8 octobre 2022
21 mai 2019 à 23:05

commande impossible car il me retourne une erreur pour cat : cat : illegal option--A

lEprofSonDkon Messages postés 211 Date d'inscription jeudi 13 décembre 2018 Statut Membre Dernière intervention 8 octobre 2022 13 > irishupk Messages postés 25 Date d'inscription vendredi 13 avril 2018 Statut Membre Dernière intervention 29 juin 2020
Modifié le 21 mai 2019 à 23:23

ça devrait fonctionner, je le montre.

rappelle-nous les caractéristiques de l'OS (linux, BSD, windows...) que tu utilises, stp.
et de l'interfaçage (vm, putty,. cygwin..).

normalement j'utilise un serveur réservé à la recherche biologique (on s'y connecte avec ssh sous mac et par le biais de putty sous windows) mais actuellement il est sous mise à jour et je prends le relais grâce au terminal de mac

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