Pb de virus ente win me et xp pro

j'ai installé xp après win Me sur une autre partition et j'ai donc un multi boot, et je n'ai constaté aucun pb. un jour jai attrapé un virus (veronna b.) je désinfecté ma machine mais depuis xp pro. depuis sous xp pro tout fonctionne alors que sous win me je ne peux plus démarrer aucune application (.exe ou dans le paneau de config) et j'ai le message suivant : "l'application n'a pas été trouvée rechercher la avec parcourir ..." et en plus je ne peux plus restorer car le répertoire restore est vide.
est ce que cela ne proveint pas d'instabilité entre les 2 os et pourquoi le virus n'aurait attaqué que win me ?
merci