Logiciels non reconnus après mise à jour

Bonjour,
Je réécris un message déjà posté mais n'ayant pas trouvé de réponse car j'ai vraiment besoin d'aide...
J'ai mon PC depuis à peine plus de 6 mois et des logiciels comme Java, QuickTime ou iTunes ne fonctionnent plus après des mises à jour automatiques. C'est-à-dire que lorsque j'essaie de lancer l'application, on me dit qu'il s'agit d'un raccourci vers une application manquante et l'accès aux dossiers de base, bien existants, m'est refusé. Et ces dossiers font 0Ko.
De plus, je viens d'installer un nouveau logiciel gratuit (Skype), il s'est installé normalement mais le problème est exactement le même ensuite.
Merci d'avance...