Bonsoir à toi !

Le problème que tu as est simple à analyser, un peu moins à résoudre (mais c'est pas la mort ^^).

Le problème que tu as vient d'une divergence entre l'encodage de tes fichiers et celui utilisé par ton système.
L'encodage, c'est la correspondance entre les bits (0101011 etc) et les caractères humains (eàç! etc...).
Il y a des années, avant que les échanges informatiques ne deviennent communs, chaque pays ou région du monde avait défini sa propre manière d'encoder ses caractères (je dis ça au pif, mais par exemple notre ç serait codé 1110 en Europe. Mais en Chine, cela correspondrait à un kanji).
Depuis, il a fallu définir un encodage universel, donc qui comprenne tous les caractères de tous les pays.
Aujourd'hui il existe l'UTF8 (courant et standard sur les systèmes récents) voire l'UTF16 (pour le futur ^^).
Si on reprend notre caractère spécial ç, en UTF8 il serait codé 11011100.

Il est probable que ton système utilise l'encodage UTF8, alors que tes données proviennent probablement d'un système utilisant l'encodage ancien (ISO européen). Tu comprends aisément qu'il ne s'y retrouve pas (d'où le ? à la place des caractères spéciaux).
Hors le ? est un symbole spécial pour le système, d'où la non-reconnaissance du nom de fichier par tes applications.

Pour vérifier l'encodage de tes fichiers, utilises ton navigateur : sous Firefox par exemple, tu peux forcer le choix du "décodeur" dans le menu "Affichage > Encodage des caractères" : Sélectionnes l'utf8 puis l'iso occidental : lorsque tes noms de fichiers s'affichent correctement, tu as trouvé quel encodage est utilisé pour tes fichiers (à priori l'ISO occidental).

Donc :
1. Pour tes dossiers, renommes-les à la mimine en enlevant tout caractère spécial (pour être peinard quoi qu'il arrive).
2. Pour les fichiers, soit tu utilises un outil pour les renommer en enlevant/remplaçant les caractères spéciaux (ex Krename ou gwenrename sous linux).
3. Soit (ou en plus) tu convertis leur encodage dans l'encodage de ton système. (par exemple avec konq-toutf8, paquet disponible sous Ubuntu).

Voilou !

PS : Bon, je viens de voir que le post date d'il y a perpète, mais tant pis, si d'autres retombent dessus, ça peut toujours servir... :)