Remouve H from PDBfile with python

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Marwae Messages postés 2 Date d'inscription mercredi 27 janvier 2016 Statut Membre Dernière intervention 28 janvier 2016 - Modifié par Marwae le 27/01/2016 à 14:51
Marwae Messages postés 2 Date d'inscription mercredi 27 janvier 2016 Statut Membre Dernière intervention 28 janvier 2016 - 28 janv. 2016 à 02:16
Bonjour,
j'ai un fichier PDB que je dois nettoyer avec python , je suis toute nouvelle sur ce langage et n'ayant jamais fait de programmation avant je bloque sur n'importe auel petit detail , voila mon script qui me genere au lieu d'un fichier sans hydrogen un fchier vide , si quelqu'un peut m'aider PLEASE

with open('newfilepdb.pdb' , "r") as inpu:
with open("noH.pdb", "w") as output:
for line in inpu:
if 'H$*' not in line : #ligne finissant avec un H
"noH.pdb".write (line)
"newfilepdb.pdb".close()
"noH.pdb".close()
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1 réponse

dsy73 Messages postés 9252 Date d'inscription dimanche 22 août 2010 Statut Contributeur Dernière intervention 23 octobre 2020 2 476
27 janv. 2016 à 20:24
Salut
tu dois indiquer les variables des fichiers pour les manipuler, tu n'as plus besoin de faire référence aux noms de fichiers.
Par exemple : output.write(line)
http://www.tutorialspoint.com/python/python_files_io.htm
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Marwae Messages postés 2 Date d'inscription mercredi 27 janvier 2016 Statut Membre Dernière intervention 28 janvier 2016
28 janv. 2016 à 02:16
huumm daccord , je vais essayer ca
merci beaucoup
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