Optimiser le Javascript ?

Bonjour à tous,

Toutes les pages de contenu du site que je suis en train de faire ont la même structure. Du coup au lieu de faire un chargement classique des pages quand on navigue, je charge la page normalement pour la 1ere, et ensuite quand on navigue dans les pages je fais des transitions avec jquery pour modifier les éléments qui ne sont pas identiques. Vous me suivez ? ^^

Mon problème c'est qu'il y a pas mal de js, alors au début c'est super fluide, mais au bout de 5 ou 6 pages ça commence à saccader.
Donc mon but est que les transitions restent fluides, quel que soit le nombre de pages qu'on charge.
Alors déjà j'ai utilisé le plus possible les fragments au lieu de la fonction jquery html(), c'est un peu mieux mais c'est pas encore ça. Je précise que tout n'est pas modifié avec les fragments, le contenu étant assez différent ça me parait trop lourd à gérer, du coup je le charge avec html().

Quels moyens existe-t-il pour optimiser le js ?
Y'a t il une solution pour voir quand ça commence à saccader, auquel cas appliquer des transition moins lourdes ?

Merci d'avance.