[Windows8.1] Virus - Chemin d'accès introuvable

Bonjour à tous,

tout d'abord, merci d'avance que vous pourrez m'apporter !

Configuration de mon pc :
- PC Professionnel (configuré par la boîte dont je suis salarié)
- Processeur : Intel Core i5-5300U CPU@2.3GHz 2.29GHz
- Système d'exploitation 64 bits, Processeur x64
- Windows 8.1 Entreprise

Problème initial:
Première quinzaine d'octobre j'ai été infesté par un virus, lors de l'installation d'une version que je croyais légale d'un logiciel d'amélioration du son du pc édité par SRS Lab.
Mon antivirus McAfee a immédiatement supprimé un bon paquet de Trojan et de virus bizarres.
Un certains nombres de logiciels se sont installés automatiquement sur le pc, j'ai réussi à en supprimer la très grande majorité instantanément depuis le point "ajout et suppression de programmes", mais lors des suppressions, certains ne pouvait pas être supprimés sans l'installation d'autres programmes etc.
Tout de suite, je n'ai plus pu installer de logiciels antivirus / scan. Le téléchargement était possible mais pas le lancement ni l'installation.
En mode sans échec, j'ai pu installer un certains nombre de logiciels qui me semblaient utiles au nettoyage du système :
- Kaspersky Virus Remooval Tool
- CCleaner
- Spybot Search & Destroy
- RogueKiller
- F-Secure Online Scanner
- MalwareBytes Anti Malware
- AdwCleaner
- ComboFix

En mode sans échec, je les ai tous exécutés, en plus du san avec mon antivirus McAfee.
Les trois quarts ne m'ont trouvé presque rien de très effrayant.
Je tiens à préciser que je n'ai pas pu faire de récupération système ni en mode normal ni en mode sans échec, je pense que cela vient de la politique de mon entreprise sur ce PC.

Problèmes persistant :
- Au démarrage, le pc est d'une lenteur folle : après le lancement de la session, je me paye une bonne dizaine de minutes à patienter devant un écran noir avant que mon bureau s'affiche (cela n'est pas le cas lorsque le pc se met en veille)
- Je ne peux plus installer de nouveau logiciel, ni en local, ni à partir d'un lecteur virtuel (test effectué avec une version légale de MS-Project et avec un tas d'antivirus / nettoyeurs !)
- Je ne peux pas lancer d'analyse antivirus quasiment en mode normal : message du logiciel : "Le chemin d'accès spécifié est introuvable ou vous n'avez peut-être pas l'autorisation d'accéder à ce fichier". OR, j'avais le droit avant, j'ai quasiment tous les droits d'administration du pc, sauf celui de récupération système (quoi que je n'avais jamais tenté ça avant l'infection, donc si ça se trouve, c'est le cas depuis l'infection uniquement)
- J'ai un problème de son : le périphérique du son du pc ne fonctionne que quand je branche un casque (mais ça c'est plus récent, probablement une bêtise à moi)
- J'ai peur de me rendre sur mes sites importants (banque etc.) car je crains que l'infection soit toujours présente.)


J'espère que mon degré de détails est suffisant, je suis à votre disposition pour tout complément d'info ! MERCI BEAUCOUP D'AVANCE de l'aide que vous pourrez m'apporter.

A+,
Thibaud.