On peut travailler avec de tables de hachages (hash) et tableau quand il s'agit de petits fichiers
En revanche quand on traite des gros fichiers il faut penser à la mémoire disponible

Voilà un exemple
J'ai 2 fichiers dont un est l'autre à l'envers. Ce qui veut dire que les fichiers ne sont pas identiques.

Dans le 1er script je n'utilise pas de tableaux, en revanche j'utilise de handles de fichiers dans lequels je vais écrire les différences si c'est le cas sinon je vais afficher un messsage
Le script

$ cat comparefic2.pl
#!/usr/bin/perl
#
use strict;use warnings;

# ouverture de fichiers en lecture
open F_LIRE1,"fic1" or die "E/S : $!\n";
open F_LIRE2,"fic2" or die "E/S : $!\n";

open F_A,">>fic1diff" or die "E/S : $!\n";
open F_B,">>fic2diff" or die "E/S : $!\n";

# $f1 lit les ligne dans le 1er fichier
# $f2 dans le 2ème
my ($f1,$f2);
my $i=0;

# lecture des fichiers ligne par ligne
# avant de paser à la ligne suivante on compare les lignes
# si les lignes ne sont pas identiques
# j'écris dans les fichiers correspondants
while ( defined($f1=<F_LIRE1>) and defined($f2=<F_LIRE2>) ){
  chomp($f1); # suppression de caractère de fin de ligne
  chomp($f2);

  ( (print F_A "$f1\n"),
    (print F_B "$f2\n"),
     ++$i               )unless $f1 eq $f2;
}

if ($i == 0){
  print "Les fichiers sont identiques.\n";
  unlink <fic*diff>;
}else{
  print "Les fichiers ne sont pas identiques.\n";
  print "-fichier fic1diff :les lignes se trouvant que dans fic1\n";
  print "-fichier fic2diff :les lignes se trouvant que dans fic2\n";
}
__END__                               

#!/usr/bin/perl
#
use strict;use warnings;

# ouverture de fichiers en lecture
open F_LIRE1,"fic1" or die "E/S : $!\n";
open F_LIRE2,"fic2" or die "E/S : $!\n";


# $f1 lit les ligne dans le 1er fichier
# $f2 dans le 2ème
my ($f1,$f2);

# @A - tableau qui contiendra les lignes existantes que dans le 1er fichier
# @B - que dans le 2ème fichier
my (@A,@B);

# lecture des fichiers ligne par ligne
# avant de paser à la ligne suivante on compare les lignes
# si les lignes ne sont pas identiques
# $f1 est ajouté à @A et $f2 est ajouté à @B
while ( defined($f1=<F_LIRE1>) and defined($f2=<F_LIRE2>) ){
  chomp($f1); # suppression de caractère de fin de ligne
  chomp($f2);
  ( (push @A,$f1),
    (push @B,$f2) ) unless $f1 eq $f2;
}


if ((@A+@B) ==0){ # si la somme des elements de @A et @B est 0
  print "Les fichiers sont identiques.\n";
}else{
  print "Les fichiers ne sont pas identiques\n";
}
__END__

lami20j@debian:~/trash$ time perl comparefic2.pl
Les fichiers ne sont pas identiques.
-fichier fic1diff :les lignes se trouvant que dans fic1
-fichier fic2diff :les lignes se trouvant que dans fic2

real    0m13.764s
user    0m6.664s
sys     0m1.140s

lami20j@debian:~/trash$ time perl comparefic.pl
Les fichiers ne sont pas identiques

real    3m42.216s
user    0m7.760s
sys     0m2.036s

lami20j@debian:~/trash$ du -h fic1
54M     fic1
lami20j@debian:~/trash$ du -h fic2
54M     fic2
lami20j@debian:~/trash$ du -h fic1diff
53M     fic1diff
lami20j@debian:~/trash$ du -h fic2diff
53M     fic2diff
lami20j@debian:~/trash$ cat fic1 | wc -l
2184192
lami20j@debian:~/trash$ cat fic2 | wc -l
2184192
lami20j@debian:~/trash$ cat fic1diff | wc -l
2101248
lami20j@debian:~/trash$ cat fic2diff | wc -l
2101248