Virus informatique, disparition de données

Bonjour;

je vous explique la situation:
j'étais sur mon pc, mon antivirus ( kaspersky ) m'indique qu'un cheval de Troie s'est imissé à l'intérieur de mon système. De ce fait, je lui ai dis de le supprimer et il m'a envoyer " le cheval de troie a été traité, veuillez redémarrer votre systeme pour terminer la suppression ". Apres hesitation, je dis OK.
Le PC redémarre, je me log et puis écran noir...impossible d'afficher quoi que ce soit et gestionnaire des taches introuvable! Le mode sans échec a échoué.
J'ai choisi de démarrer avec " la derniere bonne configuration connue ". Mon ordi s'est lancé normalement mais je n'ai plus rien sur mon pc, il est comme neuf car il est revenu à la config qu'il était lorsque je l'ai acheté...

SVP aidez-moi. Cette manoeuvre a t-elle formaté mon disque?