Comment fonctionnent le logiciels de boot ?

Bonjour à tous !
Je voudrais avoir qques infos pour savoir comment gérer le boot !
En fait j'ai installé Windows 98 puis Linux sur une autre partition. Ensuite, quand je lancais Windows à partir de Lilo -> plantage !
Alors j'ai fait un FDISK /MBR pour pouvoir booter Windows mais maintenat je n'arrive plus à booter LINUX.
J'ai téléchargé un logiciel pour gérer le boot (XOLS) : pour Winodows c'est OK mais pour LINUX pas moyen.
J'aimerai savoir comment utiliser Smart Boot Manager (comment le lancer, etc...) puisque ce doit être le logiciel par défaut je suppose ?...
merci d'avance !