Bonjour,

il est sans doute un peu tard pour vous répondre, mais j'avais le même besoin (en fait effet de vitesse) et je me suis acharné. Il est tout-à-fait possible de faire la meme chose sur paint.net que le didacticiel que vous mettez en lien.
1) le principe avec les calques est le même : on a une image de fond à laquelle on vient superposer d'autres images ou textes ou dessins ou trame de fond... Si vous n'avez jamais travaillez avec des calques bureautiques, il faut imaginer que vous avez un carnet de feuilles de calques comme à l'école: au lieu de dessiner l'ensemble sur 1 seule feuille, vous utilisez 1 feuille par type de dessin (le ciel sur 1 calque, le paysage sur un autre calque, une maison sur un 3ème calque, 1 personne sur un 4ème calque, des commentaires sur un 5ème calque) et le résultat final est la superposition de l'ensemble. C'est lorsque vous voudrez enregistrer votre travail final que le logiciel va rassembler tous les calques en 1 seul.
2) une "image" dans paint.net est une superposition de calques (par défaut 1 seul calque).
3) LA TRANSPARENCE: Si vous voulez mettre la photo d'une personne sur un nouveau fond, il faudra d'abord effacer tout ce qu'il y a autour de cette personne. il existe une fonction de contour automatique mais je ne sais pas l'utiliser aussi je vais vous dire comment faire "à la main" : tout ce qu'il y a autour de la personne est un genre de peinture pour paint.net, et il faut l'effacer; pour cela vous devez utiliser la gomme (dans les outils); pour travailler plus ou moins finement, vous pouvez soit zoomer sur la photo, soit grossir ou affiner la taille de la gomme (largeur du pinceau) => un damier apparait, cela veut dire que c'est transparent. Pour aller plus vite sur les zones sans risque, vous pouvez faire une sélection avec les outils (rectangle, rond, lasso...) et ensuite vous coupez (ciseau).
4) ATTENTION : si vous travaillez en plusieurs fois, vous pouvez enregistrer des images séparément pour pouvoir les coller ensuite chacune dans un calque d'une même image. dans ce cas, faites très attention au format d'enregistrement : exemple : vous avez fait le contour de votre personnage, le reste de l'image est transparente; si vous enregistrez sous jpeg et que vous rouvrez l'image le lendemain pour continuer le travail, le fond sera de nouveau blanc et non plus transparent et vous avez tout à recommencer! enregistrez par exemple sous format png.
5) Quand vos différentes images sont prêtes à être rassemblées, choisissez l'une d'elle, le fond (arrière plan) par exemple (ne vous inquiétez pas pour l'ordre des calques vous pouvez le changer très facilement à tout moment). Ensuite faites afficher les calques de l'image (onglet "Fenêtres" puis "calques"). Vous avez alors une petite fenêtre qui s'ouvre et dans votre cas 1 seul calque que paint a nommé par défaut.
Rajouter un calque en cliquant sur "+" dans cette petite fenêtre ou bien dans onglet "Calques" puis "ajouter calque".Un second calque vide apparait. Il est possible que le nouveau calque ne soit pas transparent mais blanc: quand vous le sélectionnerez par la suite, "édition" "sélectionner tout" puis "couper" et la trame sera alors transparente.
6) pour afficher ou non les différents calques, tilter ou non.
l'ordre de superposition des calques est l'ordre d'affichage de ces calques dans la petite fenêtre.
le calque sur lequel vous travaillez n'est pas le plus haut, mais celui que vous avez sélectionné en dernier avec la souris en cliquant sur la ligne (la ligne devient bleue). Vous pouvez alors changer son ordre de superposition en cliquant sur les flèches montée/descente.
Vous pouvez travailler sur les calques exactement de la même façon que sur les images, mais attention si vous avez besoin d'enregistrer.
7) pour copier la seconde image et la coller dans le second calque de la 1ère image, faites simplement des copier/coller:
ouvrez la 2nde image, puis "edition" "sélectionner tout" puis "édition" "copier", ensuite vous allez dans la 1 ère image, vous sélectionnez le 2nd calque et "édition" "coller".
8) le fait de rassembler les différents calques est la fonction "aplatir", le logiciel vous le demandera forcément lors de l'enregistrement final.

J'ai été un peu long, mais avec cela vous devriez vous en sortir.
Je ne connais pas bien le logiciel et ce que j'ai écrit est le résultat de mon tatonnement, je pense que des personnes plus avisées pourront simplifier le travail avec des fonctions ou du paramétrage que je ne connais pas.
Bon courage.