Deux solutions (pas très académiques...)
- un timer qui attend un temps défini avant de continuer (mais suivant les PC çà ne collera pas forcément)

- dans ton script .bat, à la fin tu lui dit de créer un fichier texte (ou autre, peu importe) et tu fais une surveillance dans ton prog VB, dès que le fichier existe, çà signifie que ton script est terminé...

dans ton prog VB :
tu lances ton .bat
tu lances un timer : (il doit être à Enabled=false)
Timer1.enabled = true
Timer1.interval = 100

Sub Timer1()

'teste l'existence d'un fichier
if dir(monFichierTest.txt)<>"" then
'Désactive le timer
timer1.enabled=false
'Supprime le fichier tmp
Kill monFichierTest.txt
'Indique que le script est terminé
msgbox "le script est terminé"
end if

End Sub

je n'ai pas testé, il y a sans doute des petites choses à changer...