Pour formater il y a en principe deux choses a faire:
1) partitionner le disque en une ou plusieures partitions, par exemple avec la commande:

fdisk /dev/hdb

dans l'hypothese ou le disque serait /dev/hdb (2eme disque ide par exemple), on peut aussi avoir /dev/hda, /dev/hdc, ... (1er, 3eme disque ide) ou /dev/sda, /dev/sdb pour de disques scsi, sata. A savoir les cdrom/graveurs ide peuvent aussi occuper un nom comme /dev/hdb et dans ce cas un 2eme disque serait plutot /dev/hdc.
Apres avoir lance fdisk on tappe "m" pour avoir la liste de commandes (affichage du tableau des partitions, cree, detruire de patitions, changer l'attributs d'une partitions etc.). Si on a installe un disque tout neuf il faut alors creer de partitions qui s'appellent alors /dev/hdb1, /dev/hdb2, ... ou /dev/hdb5, ...
Il est possible que ton disque est deja correctement partitionne et que tu souhaites simplement formater une des partitions. Dans ce cas tu ne fais rien ici et tu passes a l'etape 2:

2) Une fois on a les partitions, on peut les formater, c.-a-d. creer un systeme de fichiers la dessus ("filesystem"). En Linux (Mandrake/Fedora) on utilise d'habitude un systeme de type ext3. Il y a aussi riser (typiquement dans Suse) et plein d'autre. Notamment il y a vfat (pour fat32, compatible avec Windows).
Par exemple pour creer un systeme de fichier ext3 sur la 2eme partition d'un 2eme disque ide on pourrait faire:

mkfs.ext /dev/hdb2

ou

mkfs.ext -c /dev/hdb2

ou

mkfs.ext -c -c /dev/hdb2

La 1er methode est la plus rapide sans verification, la 2eme (avec un "-c") fait un formatage avec une verification simple en lecture des bloques et la 3eme (celle avec deux "-c") fait une verification longue en lecture et ecriture. Selon la taille du disque et vitesse du PC ca peut durer tres longtemps (10 minutes, 30 minutes, des heures, ...) , notamment le truc avec "-c -c". Je crois le mieux et la verification simple avec "-c".
Pour creer un vfat c'est parreil mais avec la commande mkfs.vfat (ou mkfs.msdos ou mkdosfs, tout marche). Cependant pour le vfat (fat32) on peut aussi passer par Windows pour formater, c'est peut-etre mieux.

Regarde pour toutes les commandes les pages man ("man mkfs.ext3", "man fdisk" etc.) pour connaitre les autres options et leurs significations.

Inutile de dire que tout ca, la creation de partitions et aussi le formatage est hyper dangereux et tres delicat. C'est tres facile de se detruire son systeme avec une mauvaise manipe (par exemple confondre 1er disque /dev/hda et 2nd disque /dev/hdb).