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Constitution d'un tableau

- - Dernière réponse : yg_be
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19 janvier 2019
- 5 janv. 2019 à 18:23
Bonjour,

Je suis un débutant en python, notre prof nous a donné un exercice où il faut écrire un script permettant de générer un fichier correspondant à un tableau dans lequel seront reportés :
• colonne 1 : l’identifiant du gène,
• colonne 2 : la valeur d’expression,
• colonne 3 : l’identifiant de l’orthologue chez Arabidopsis,
• colonne 4 : les informations concernant la fonction.
Les délivrables attendus pour cette tache sont : un script python et le fichier reprenant les information des gènes et les valeurs d’expression.

Mais les informations sont contenues dans 2 tableaux au format .txt
J'ai écrit une partie d'un script, je n'arrive pas à faire l'association de la valeur d'expression contenue dans un fichier (count) avec les 3 autres colonnes contenues dans un autre fichier (annotation).

output=open("delivrable4.txt", "w")
annotation=open("annotation.txt").readlines()
for line in annotation:
tab=line.split('\t')
pacid=tab[0]
locusname=tab[1]
besthit=tab[2]
arabidefline=tab[3]

count=open("read-count.tab.txt").readlines()
for lines in count:
nb=lines.split('\t')
locus=nb[0]
expression=nb[1]

for name in locusname :
for loc in locus :
if name == loc :
output.write(name + '\t' + expression + '\t' + besthit + '\t' + arabidefline + '\n')

Merci d'avance pour votre aide
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1 réponse

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19 janvier 2019
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Merci
bonjour,
tu écris "je n'arrive pas": as-tu une idée de comment y arriver, ou as-tu une question?
par ailleurs, merci d'utiliser la coloration syntaxique quand tu partages du code.
yg_be
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19 janvier 2019
431 > Flo -
que penses-tu qui se passe à la ligne 7?
On définit la deuxième colonne comme locusname
yg_be
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19 janvier 2019
431 > Flo -
plus précisément, on mémorise dans la variable locusname la valeur de la deuxième colonne de la ligne en cours, et cela remplace ce qui avait été précédemment mémorisé dans locusname.
et donc, arrivé en ligne 10, que contient la variable locusname?
avant de programmer, il est nécessaire de réfléchir à ce que fait le programme: peux-tu prendre le temps d'écrire cela?
Arrivé à la ligne 10, la variable locusname change.
J'avais pensé à créer une liste des valeurs pour la variable locusname et créer ensuite un dictionnaire pour associer les locus à leur expression, mais je ne vois pas comment créer la liste puis rechercher les valeurs de la liste dans les locus d'un dictionnaire
yg_be
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19 janvier 2019
431 > Flo -
tu devrais sans doute d'abord faire des exercices plus simples, pour apprendre à créer des listes.
avant de programmer, il est nécessaire de réfléchir à ce que fait le programme: peux-tu prendre le temps d'écrire cela, étape par étape, en détail?
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