Archive jar

Quand je disais .../bin/java.exe c'était pour y mettre ton chemin d'accès complet.

Mais si tu as des espaces (Program Files par exemple) il faut mettre des apostrophes
Mais puisque visiblement tu as configuré ton PATH, faire java tout seul suffit.

Donc ton JAR fonctionne si tu le lances en direct, c'est bon signe, il ne doit pas manquer grand chose.

En ligne de commande toujours, fait un

where java

cela va te lister tous les endroits où Java est accessible (JRE, JDK, etc.) et pour chacun d'entre eux (avec le chemin complet et les guillemets si nécessaire) tu vas faire un java -version.

Exemple :

"C:\Program Files\Java\jre1.8.0_161\bin\java.exe" -version

Tu peux même aller plus loin et tester ton JAR avec toutes ces versions de Java pour voir celles qui fonctionnent ou pas (et avec quelle erreur).

"Il m'affiche une console qu'il referme immédiatement"
Normalement un programme Java ne devrait pas ouvrir de console de lui même, soit la console existe déjà, soit il ignore son absence, mais il ne devrait pas la créer. Et c'est étonnant que pour un "java -jar" ça fonctionne et qu'un "ouvrir avec > java" ce soit différent si c'est le même java.exe qui est derrière...

Est-ce que tu pourrais faire le test avec un autre jar ?
Avec ce code là :

package test;
import javax.swing.JOptionPane;
public class Test {
    public static void main(String[] args) {
        JOptionPane.showMessageDialog(null, System.getProperty("java.home"));
    }
}

Il devrait afficher une pop-up avec le JRE utilisé par le programme, pour être sûr que c'est bien le même quand tu fais un "java -jar", un "ouvrir avec > java" ou un "double clic sur le jar"