Recherche de motif et impression de colonneFermé

Question

Bonjour à tous ,

Je me permets de solliciter votre aide. En effet, j'ai précédemment déjà été bloquée par ce même genre de question.

Voici le problème : je possède deux fichiers : 

ort.csvAGAP002556AGAP010489NANANANANAAGAP012320AGAP010409AGAP011647NANA

et 
BD.csv qui me sert de base de données 

AGAP002189;agamobp14;Q8I8T3;188;2R;17331871;17332553;Classic;mclassic9;NA;aaegobp18;cquiobp63AGAP008398;agamobp21;Q8I8S3;131;3R;10317255;10317835;Classic;mclassic5;NA;aaegobp8;cquiobp23AGAP010409;agamobp22;Q7PGA3;144;3L;2853087;2853645;Classic;mclassic8;NA;aaegobp81;cquiobp44AGAP012318;agamobp23;Q8I8R9;131;3L;40168852;40169329;Classic;mclassic3;NA;aaegobp9;cquiobp22AGAP012319;agamobp24;Q8I8R8;176;3L;40171315;40172237;Classic;mclassic2;NA;aaegobp77;cquiobp21AGAP012320;agamobp25;Q7Q088;142;3L;40209434;40210326;Classic;mclassic3;NA;aaegobp11;cquiobp19AGAP012321;agamobp26;Q8I8R6;131;3L;40213816;40214477;Classic;mclassic3;NA;aaegobp35;cquiobp20AGAP012323;agamobp27;Q5TN65;134;3L;40218226;40218764;Classic;mclassic1;NA;aaegobp65;cquiobp16AGAP012325;agamobp28;Q8I8R4;134;3L;40221011;40221620;Classic;mclassic3;NA;aaegobp12;cquiobp18AGAP012322;agamobp63;Q6H900;135;3L;40217381;40217853;Classic;mclassic4;NA;aaegobp61;cquiobp17AGAP012324;agamobp64;Q5TN67;142;3L;40219631;40220284;Classic;mclassic1;NA;aaegobp15;cquiobp15

Le but est de rechercher les éléments de ort.csv dans BD.csv. S'il retrouve le motif, il imprime les colonnes 8 et 9 en y ajoutant (by inference) pour chaque colonne  (soit ici Classic  (by inference) et mclassic (by inference)). S'il n'y a pas de correspondance écrire NA. Voici le code que j'ai réalisé pour le moment sans succès.... Je suis ouverte à toutes proposition de résolutions :

#!/bin/bash

cut -d ';' -f 10 albopictus.csv >1.txt
sed -e 's/ //g'  1.txt >ort.csv
rm 1.txt

for ligne in `cat ort.csv`
do
 a= grep -w $ligne BD.csv | cut -d';' -f 1 | head -1
 if [ -n "$a" ]
 then
         awk '{print $8, $9}' BD.csv
 else
  echo "NA" 
 fi 
    
done


Remarque : J'ai essayé dans un premier temps d'utiliser les dictionnaire du language python pour réaliser ce que je souhaitais, mais sans succès. Je me suis donc rabattue sur bash. 

Vous en remerciant

mamiemando · Answer

Bonjour,

Plusieurs remarques :
- dans ton script, la variable a est le résultat de la commande grep -w $ligne BD.csv | cut -d';' -f 1 | head -1 donc cette commande devrait être entourée de backquotes ou par $(...).
- que veux-tu dire par "by inference" ?
- est-ce que le motif à rechercher peut figurer dans n'importe quelle colonne ? D'après ton script on dirait qu'on ne le cherche qu'en colonne 1.
- est-il normal que certaines lignes de ort.csv aient le même contenu ?

Voici à mon avis la version corrigée de ton programme :

#!/bin/sh

for motif in $(sort ort.csv | uniq)
do 
    #echo "------ motif $motif ------"
    for line in $(grep "^$motif;" bd.csv)
    do
        if [ "$line" != "" ]
        then
            echo "$line" | cut -d";" -f8,9
        else
            echo "NA"
        fi
    done
done

exit 0

Bonne chance

Recherche de motif et impression de colonne

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