En cherchant une solution je suis tombé sur ce site anglophone :
http://askubuntu.com/questions/169376/clock-time-is-off-on-dual-boot
Il explique bien que pour un système en Dual Boot Unix/Windows le problème avec l'horloge est du à un conflit de sources différentes pour l'heure.
Et voici la solution pour avec le temps Windows sur ces deux systèmes d'exploitation :
1. Ouvrez un terminal sous Ubuntu
2. Tapez la commande :
sudo gedit /etc/default/rcS
3. Tapez le mot de passe du superuser (les caractères ne sont pas affichés lorsqu'on tape le mot de passe c'est normal :) un peu de discrétion quoi :p)
4. L'éditeur de texte s'ouvre, changer la variable UTC tel que UTC=0 ; si elle n'est pas présente rajouter la ligne en gardant la même mise en page (sautez une ligne entre les différentes parties)
# Set UTC=yes if your hardware clock is set to UTC (GMT)
UTC=no
5. Cliquez sur Enregistrer, le tour est joué :)