Link canonical

Bonjour,
Dû à duplicates meta desc. et titres en double, j'ai incorporé un link canonical à mon site.

Le site en question est fait en PHP alors, j'ai mis ce link avec le lien général de mon site " www.exemple.com" dans la page "header".
J'aurais voulu inclure ce link dans chaque page avec son lien correspondant.

Mes questions sont les suivantes :
Pour résoudre le problème des doublons, y a-t-il d'autres solutions ?
Le fait d'avoir mis juste un lien à la page d'accueil affecte le reste du site qui sera redirigé toujours à cette page (accueil)?
SVP un meilleur connaisseur du thème pourrait me guider ?

Désolé de mon orthographie, le français n'est pas ma première langue.
Merci en avance