Bonjour,
Effectivement, l'instance de Process que tu manipules est le process qui a été créé par Java.
Dans ton exemple, tu crées un process fils (cmd), qui a donc ton programme pour parent. Ensuite, c'est cmd qui exécute la commande, ce qui a pour effet de créer un autre processus dont cmd est parent.

Quand tu détruis ton process, c'est donc cmd qui est détruit (je n'ai pas trouvé de moyen de récupérer le process créé par cmd en java, mais je trouve assez ridicule de vouloir lancer la commande via cmd plutôt que via java, ça n'apporte rien).

Selon moi, la seule manière, c'est de faire appel (toujours dans ton cmd) aux commandes système permettant de récupérer le pid du process à tuer (tasklist/taskkill sous windows, ps/kill sous linux...). L'inconvénient (qui n'existe pas si tu crées tes process directement en Java), c'est que c'est un code qui n'est pas portable du tout (il faut donc créer une interface et implémenter les classes pour chaque architecture d'OS).

Cordialement, rtfm and jfgi