Réponse: oui et non.
Le .mkv est comme tu le sais un conteneur, c'est à dire que tu y mets le fichier audio et video que tu veux. Si ta video est dans un codec autre que Real, tu peux la lire avec VLC. Sinon ... non. A une époque les encodeurs encodaient en RV10, qui était un codec Helix (Real) de très haute facture. Ce CoDec n'est pas supporté par VLC. Depuis, n encode plus les mkv en x264, qui est supporté nativement pas VLC.
Afin de t'aider, je te conseille 2 outils.
Mediainfo et KMPlayer, que j'utilise.
Si tu es interessé par une installation saine de ton système, je te fais une liste des CoDecs à installer, il y en a très peu d'utiles. Ils te premettront de ne pas installer les usines à gaz que sont QuickTime et Real entre autres (usines à gaz pour PC, bien sur).
J'espère avoir pu t'aider.
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