Cela dépend tout d'abord de la version du VLC que tu as (mais ça reste très similaire dans les précédentes).
Pour la dernière version (0.9.a) :
- Menu "Média"
- Convertir/Enregistrer
- Sélectionner le fichier vidéo à transcoder, puis valider (Convertir/Sauvegarder)
- Dans la partie "Sorties", cocher la case Fichier, et saisir le nom du fichier de sortie (copier coller du nom du fichier d'entrée en mettant .mp4, par exemple)
- Dans la partie "Profil", onglet "Encapsulation", sélectionner MP4
- Toujours dans la partie "Profil", onglet "Codec vidéo", cocher "Vidéo", sélectionner MPEG-4, le débit voulu, et l'échelle voulue
- S'il faut le son, onglet "Codec audio", cocher "Audio", sélectionner MPEG 4 Audio, le débit voulu, et le nombre de canaux
- C'est fini, valider en cliquant sur "Save" (qui n'a curieusement pas été traduit comme certains autres boutons et menus)

Je ne suis pas certain des codecs, mais si je me souviens bien c'est ça.