Une fois j'ai eu ce problème, parce que les clics de souris étaient pris en charge en double . J'ai eu ce problème après avoir installé gpm (gestion de la souris en mode texte) et après l'avoir mal configuré. Je te propose de le dégager et si tu en as besoin de le réinstaller en faisant attention à comment tu le configures.
sudo dpkg --purge gpm
sudo aptitude install gpm
Si ça ne change rien c'est peut être ton profil gnome qui est mal configuré. Une manière simple de le recréer proprement c'est de renommer tes répertoires ~/.gnome*. Pour cela, quitte ta session graphique, puis passe en mode texte en appuyant sur ctrl alt f1 et identifie toi avec ton profil utilisateur. Ceci fait, tape :
sudo /etc/init.d/gdm stop
mkdir vieux_profil_gnome
mv ~/.gnome* vieux_profil_gnome
sudo /etc/init.d/gdm start
Bonne chance