Tu peux le faire via un Live CD d'une distribution Linux quelconque. Tu télécharges le live cd (ubuntu, debian, ... au choix), le grave, le met dans le lecteur et redémarre. Au redémarrage, tu boot sur le CD et tu attends qu'il soit chargé. Une fois le bureau chargé, tu accèdes à ton disque dur et tu supprimes le dossier. Si ça ne fonctionne pas de cette manière, tu ouvres un terminal et tape (sur les distributions à base debian, les autres je ne sais pas):
sudo rm CHEMIN_DU_DOSSIER
Donc, par exemple, si le dossier Windows se trouve dans le dossier "/mnt/Disque_Windows/Windows" tu tapes la commande:
sudo rm /mnt/Disque_Windows/Windows
Si ça ne fonctionne toujours pas:
sudo rm -f /mnt/Disque_Windows/Windows