Salut, je ne connais pas cariboot, mais perso je fais toujours une triple-sauvegarde de mon site :
1-Je garde toujours la version d'origine, avant installation (donc prêtre à être réinstallée au cas où).
2-Je retransfère par FTP via File Zilla, du serveur vers l'ordinateur, une fois de temps en temps, notamment pour enregistrer les différentes modif' réalisées en ligne.
3-Une fois par mois, je sauvegarde ma bdd et mes fichiers SPIP.
Je ne sais pas si cela t'aidera. Mais plutôt que de te casser la tête avec un aspirateur, moi je te conseillerais plutôt de retransférer tes fichiers du serveur vers l'ordinateur. J'espère que cela t'aidera. Salut.