Bonjour Sonia,
Si le problème est toujours d'actualité, voici une solution:
Pour lancer un exécutable depuis RDESKTOP, il suffit de passer le nom du pgm en argument avec le paramètre -s.
Ci-dessous un exemple de shell qui ouvre une session AppliDis.

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# LANCEUR SESSION APPLIDIS
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# Utilisateur AppliDis (Optionnel)
export USER="applidis"

# Mot de passe AppliDis (Optionnel), attention,
# protégez votre fichier script des regards indiscrets.
export PWD="Applidis"

# Domaine
export DOM="AD-Domaine"

# Adresse du serveur ou de la gateway AppliDis (A adapter)
export ADS="gw.applidis.com"

# Nom du client (la commande hostname le retrouve automatiquement, ne pas modifier).
export CN=`hostname`

# Paramètre pour le démarrage de votre session AppliDis
export SESSION="C:\\Program Files\\Applidis\\Serveur\\Fichiers\\Bin\\Session.exe"

# Appel AppliDis
rdesktop $ADS -n $CN -s "$SESSION" -u $USER -p $PWD -d $DOM -T "AppliDis ($ADS)" –k fr