Méthode de développement BDD/PHP ?

Bonjour,

Je suis confronté à un problème. C'est plus une histoire de méthode qu'autre chose, je pense.

Voila : j'ai une base de donnée de "référence", avec, entre autre, une table contenant plusieurs champs.
Je récupère 2 fichiers de type Excel tous les mois. Ces fichiers contiennent des données qui correspondent à la base de référence.

Par exemple dans la base de référence on va retrouver un champs "nom" et un autre "prenom". Dans le fichier Excel on va aussi retrouver ces champs "nom" et "prenom" (ils peuvent être appelés différemment...).
On va aussi retrouver dans la base des champs qu'on ne retrouves pas dans le fichier Excel (exemple : contrat...). Et même chose pour le fichier Excel : il y aura des champs qui ne sont pas dans la base.

Le but de mon application est de "passer" un des 2 fichiers dans mon appli, de stocker dans une autre base les colonnes qui correspondent aux informations que l'on retrouve dans la base de référence, de comparer ces valeurs et d'en sortir des conclusions (y a-t-il eu de nouveaux noms ? par exemple).
Par la suite, il faut faire de même avec l'autre fichier Excel.

Une fois ces deux fichiers passés à la moulinette, je me retrouverai avec une base de données qui normalement sera à jour. Il faudra donc mettre à jour la base de donnée de référence avec ces nouvelles données.

Ma question est : comment partir sur de bonne base, comment feriez vous ?
Je n'attends pas du code, mais une démarche, un langage à utiliser (une appli web, ou une appli classique ?

Je pensais partir sur une solution Web avec du PHP, mais peut être que JAVA est une bonne solution avec des EJB par exemple ? Le problème est qu'il faut trouver un serveur... Enfin bon... pas simple !!

Si qqu'un à une idée ? merci d'avance !