Va dans Options > Emulateur > Type de sauvegarde et sélectionne Flash 128k.
Tu dois ensuite effacer tous les fichiers de sauvegarde créés auparavant pour pouvoir sauver correctement (à vérifier, mais vire-les au moins de ton répertoire de roms).

Tu peux aussi créer un fichier nommé vba-over.ini dans le même répertoire que VisualBoyAdvance (vérifie que tu as la dernière version) et mettre ce genre de paramètre, ça t'évite d'avoir besoin de changer à chaque fois que tu changes de jeu.

Exemple :
Dans vba-over.ini :

;Pokemon - Version Saphir (F)
[AXPF]
rtcEnabled=1
flashSize=131072

;Pokemon - Version Rouge Feu (F)
[BPRF]
flashSize=131072

Les lignes précédées d'un ";" sont des lignes de commentaire.
Entre crochets, c'est le code du jeu, que tu peux voir en allant dans Fichier > Informations sur la rom.
rtcEnabled=1 active l'horloge interne temps réel, que l'on retrouve dans certains jeux pokémon par exemple.
flashSize=131072 change la taille de la sauvegarde (requis pour certains jeux).

Je sais que ça fait un sacré "up", mais je suis tombé sur ça par hasard avec google, donc autant répondre, ce sera pas perdu.