Oui, il sera toujours capable de lire les données sur l'autre disque sans problème.
La seule différence que tu vas remarque entre le disque dur qui est en FAT32 et celui en NTFS, c'est que celui en FAT32 tu n'aura aucune sécurité sur les fichiers, comme le cryptage des données, ou la compressions des fichiers.
Tu peux le remarquer en cliquant avec le bouton droit sur un fichier et aller dans propriété.
Ensuite dans la première page il y a un bouton Avancé. (Ce bouton n'apparait pas si tu es en FAT32) Tu a l'option de Crypter les données pour que seulement toi en tant qu'utilisateur puisse les voir. Et la compression des données ça c'est plus utile pour les fichiers de texte, les images BMP, tout ce qui entre dans ce dossier sera compresser.
Mais TRÈS IMPORTANT. Si tu fais le cryptage de données.
Si tu formate le disque qui contient Windows, même si tu essaye de retourner les voir et ceci même si c'est le même nom d'utilisateur. Tu ne pourras jamais le revoir, alors il faut les décrypter le temps que tu format.
Bon comme tu peux voir NTFS n'est que pour la sécurité. Et est plus positif pour les gens qui ont des petits fichier.

FAT32 est plus pour les gens qui ont vraiment des gros fichier, comme des vidéo DIVX, le disque dur sera plus rapide pour ces fichier parce que les clusters sur le disque dur est de 32ko. Et NTFS ont des cluster de 4ko.
Voici l'explication : Exemple tu as des centaines de fichier de 1ko aux alentour, en FAT32, pour chaque fichier de 1ko, il utilisera 1 cluster de 32ko, alors comme tu peux voir il y a une perte d'espace, tandit que il y aura beaucoup mois de perte d'espace en NTFS et sera plus rapide.
C'est pour ça que le FAT32 en général est utiliser pour les disque dur qui servent à contenir les backup et les gros fichiers.
Et pour finir le NTFS est plus rapide puisque chaque fichier est redirigé vers le suivant, alors que le FAT32 à chaque fois qu'il a fini de lire un fichier, il retourne au journal pour savoir où est le fichier suivant.

J'espère que ce roman t'éclairera et te permettera de faire un choix judicieux. :)