Salut,
je ne sais pas si t'as trouvé depuis une solution à ton problème, si non c'est juste une histoire de chemin l'erreur 404 et en ce qui concerne le demarrage de ton serveur, c'est normal que le port soit occupé quand tu demarre tomcat sous eclipse après l'avoir lancer ailleurs! Il faut lancer tomcat soit sous eclipse, soit dans un terminal mais pas las deux en même temps.Pour excécuter ta servlet, il faut placer les .class générés dans un répertoire classes et mettre le répertoire classe dans WEB-INF et tout devrait aller.
NB: Normalement eclipse te génère automatiquement la structure de ton projet et le web.xml.