Essaie comme ca :
<link rel="stylesheet" type="text/css" href="style.css" id="feuillestyle" />
<script type="text/javascript" language="Javascript">
<!--
nav = navigator.appName;
if( nav == "Microsoft Internet Explorer"){
document.getElementById('feuillestyle').href = 'ie.css';
}else{
document.getElementById('feuillestyle').href = 'style.css';
}
//-->
Il suffit de declarer un id à ton lien vers la feuille de style. Ensuite, tu recupere le nom du navigateur, et en fonction du nom, tu 'injecte' ta feuille de style dans ton lien.