Tout dépend de comment sont stockées tes dates.. est-ce des champs datetime, varchar, timestamp... ?

Sinon tu peux carrement le faire en SQL (dans ta requète) avec les fonctions de date :
http://dev.mysql.com/doc/refman/5.0/fr/date-and-time-functio­ns.html
=> voir "datediff()"

Oui, utilise simplement un datediff()

ex: select heured, heuref, datediff(heuref, heured) from ...


NB : datediff ne te remonte qu'une différence en jours ! donc pas forcement génial.
Si tu veux le faire en php regardes du coté de la fonction "strftime" http://fr.php.net/strftime

Sinon fais :

select UNIX_TIMESTAMP(heured), UNIX_TIMESTAMP(heuref) from ...

et ensuite tu travaille avec des timestamp en utilisant la fonction date() de php pour les formater comme tu veux.
La différence entre les deux sera donc la soustraction des deux dates (en nombre de secondes)

Voici une fonctio qui marche bien pour faure la difference entre deux heures

/fonction addition heure difheure(debut , fin )
function difheure($heuredeb,$heurefin)
{
$hd=explode(":",$heuredeb);
$hf=explode(":",$heurefin);
$hd[0]=(int)($hd[0]);$hd[1]=(int)($hd[1]);$hd[2]=(int)($hd[2]);
$hf[0]=(int)($hf[0]);$hf[1]=(int)($hf[1]);$hf[2]=(int)($hf[2]);
if($hf[2]<$hd[2]){$hf[1]=$hf[1]-1;$hf[2]=$hf[2]+60;}
if($hf[1]<$hd[1]){$hf[0]=$hf[0]-1;$hf[1]=$hf[1]+60;}
if($hf[0]<$hd[0]){$hf[0]=$hf[0]+24;}
return (($hf[0]-$hd[0]).":".($hf[1]-$hd[1]).":".($hf[2]-$hd[2]));
}
// fin de fonction
?>