Le problème est plus délicat que cela. En pratique, il faut un contrôleur électronique qui s'intercale entre l'alternateur et les deux batteries, et qui décide laquelle on doit charger ou décharger à tout moment. Sinon (1) on risque d'avoir les deux batteries à plat en même temps et (2) les deux batteries passent leur temps à se charger et décharger l'une dans l'autre, ce qui réduit beaucoup leur durée de vie. Il faut donc une électronique qui fait le choix de connecter l'une ou l'autre des deux batteries en fonction des circonstances. Une stratégie typique est:
Si moteur tounant -> Connecter (charger) batterie "moteur" jusqu'à 13,4V, et ensuite charger la batterie "auxiliaire"
Si moteur arrêté -> Ne laisser connecter que la batterie auxiliaire
Il y a des boîtiers électroniques électroniques du commerce qui font ça, mais je n'en ai pas trouvé sur des sites français, ça a l'air d'être une spécialité des anglo-saxons, en particulier des australiens.
Voir notamment http://www.4wdsystems.com.au/html/isolators.htm