Eh bien Alex, ma solution a été de formater ma partition pour installer un nouvel OS. Depuis je n'ai plus de problèmes.
Il est possible que ce soit un problème logique car Partotion Magic 8 m'a affiché un message comme quoi ma bitmap de partition avait un problème (avec incohérence entre taille occupée inscrite dans la partition et la taille réellement occupée).
Néanmoins ce message n'est affiché qu'en faisant l'analyse sous windows, en vérification DOS aucune erreur n'est détectée.
Donc, le message n'apparaissant que lorsque windows est lancé il se peut qu'un programme malicieux soit la cause du problème. Il faudrait ragarder l'évolution sous Linux pour en être sur : si rien ne se passe sous Linux, c'est bien un programme qui fait des siennes !
Si c'est tout de même un problème de partition et que toutes tes partitions sont sur le même disque dur, réinstaller uniquement windows pourrait corriger le problème en "réparant" la table des partitions. Si la table est corrompue, toutes les partitions concernées peuvent être touchées.
Essaye donc d'abord de réinstaller uniquement windows en supprimant la partition windows, en la recréant et en la formatant.
C'est ce que j'ai fait.
Je viens de penser à une autre solution : utiliser un Fdisk Linux (plus complet que celui de windows) pour sauvegarder/écraser la table des partitions sans rien modifier sur les partitions (normalement non destructif).
Bon courrage !
PS: Si tu trouves une autre solution (ou si Fdisk fonctionne), tiens moi au courrant.