un msi est un fichier windows installer, qui permet l'installation d'un logiciel tout comme un fichier setup.exe
un mst est un fichier de réponse pour un déploiement silencieux de ton msi sur le réseau par exemple.
(le mst contient les réponses de l'utilisateur afin que le logiciel soit installé comme il faut, mais sans lancer l'assistant d'installation.)
Tu peux avoir de plus amples explications ici :
http://www.laboratoire-microsoft.org/articles/network/transform/