Bonjour!
J'ai eu le même problème, et le setup n'a rien changé, j'avais tout ce protect dll introuvable.
Mais j'ai trouvé la solution.
En fait, il faut aller sur le site de beyond good and evil, et télécharger le patch:
http://www.beyondgoodevil.com/fr/downloads.php#patch
Un message doit apparaître dans mes souvernirs, pour vous demander si vous êtes sur de vouloir l'installer, alors que vous avez déjà le programme. Dites oui et télécharger le.
Ensuite vous n'avez plus qu'à aller dans votre menu démarrer, programme ubisoft, beyond good and evil, et désinstaller... et ça ce fait tout seul !!
Ca a marché pour moi, j'espère que ça sera votre cas ! ^^