MERISE n'a pas de signification lettre par lettre:
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"De l'aveu même d'un de ses fondateurs, le nom MERISE vient de l'analogie faite entre le Merisier "qui ne peut porter de beaux fruits que si on lui greffe une branche de cerisier : ainsi en va-t-il des méthodes informatiques bien conçues, qui ne produisent de bons résultats que si la greffe sur l'organisation réussit", même si beaucoup de gens ont voulu y voir un acronyme comme par exemple Méthode d'Étude et de Réalisation Informatique par les Sous-Ensembles ou pour les Systèmes d'Entreprises."