C'est assez étrange.
Soit tu as configuré Thunderbird de manière à ce que les messages arrivent dans le Local Folder et dans ce cas c'est le Inbox du Local Folder qui s'incrémente et c'est lui qu'il faut compacter (j'ai l'impression que c'est configuré comme ça chez toi), soit tu as configuré Thunderbird de manière à recevoir les messages dans un dossier à part (qui apparaît alors dans la fenêtre de Thunderbird) et dans ce cas c'est le fichier Inbox du dossier pop.free.fr qui s'incrémente et qu'il faut compacter.
Si tu utilises le Local Folder comme boîte de réception il y a pas de raison pour que quoi que ce soit soit stocké dans pop.free.fr, Thunderbird crée ce dossier mais ne l'utilise qu'au cas où tu ferais un changement dans le choix de la réception (Boîte globale ou répertoire local).
Finalement, pour résoudre ton problème (je vais supposer ici que tu utilises la Boîte globale, ce qui a l'air d'être le cas):
1)Bascule temporairement ton compte pop.free.fr en boîte de réception indépendante de la Boîte globale pour l'avoir dans la fenêtre de Thunderbird:
Outils -> Paramètres des comptes... -> Sélectionne le compte free -> Paramètres serveur -> Avancés... -> Coche Courrier entrant de ce compte -> OK
2)Vérifie qu'il s'agit bien des mêmes emails que ceux qui sont dans ta boîte de réception globale. Si c'est pas le cas transfère ceux dont tu as besoin.
3)Ensuite tu effaces tous les emails concernant cette boîte (Entrants, Envoyés, etc...), tu vides la Corbeille de ce compte et tu compactes ce pop.free.fr
4)Tu le remets en réception boîte globale:
Outils -> Paramètres des comptes... -> Sélectionne le compte free -> Paramètres serveur -> Avancés... -> Coche Boîte globale -> OK
5)Il est probable qu'il y ait un message d'avertissement qui te dise que tu pourras plus voir les messages téléchargés sur ce compte (pas d'importance puisque normalement tu as tout effacé), accepte.
6)J'espère que tout est entré dans l'ordre
Voilà, c'était un peu long mais j'espère que tu y es arrivé.
S'il y a encore des soucis dis-moi.