Il existe des utilitaires pour ce faire sur les sites des marques de ces clefs USB permettant de supprimer la partition CD (LPinstaller.exe, U3uninstall.exe etc.)
Cependant, c'est elle qui permet de lancer le module U3 automatiquement lors du branchement de la clef USB sur un PC (ce qui est le principal intérêt (voire le seul) d'U3 par rapport à d'autres packs d'applis portables. A utiliser en connaissance de cause, donc.