Salut Fabrice,
Pour uploader ton site web il faut que tu utilise un client FTP comme Filezilla. Tu te connecte alors sur leur serveur FTP : ftpperso.free.fr avec tes identifiants et tu envoie tes fichiers. Y'a pleins de tutos sur google sur comment utiliser Filezilla.
Pour protéger l'accès, il faut que tu utilise un fichier .htaccess combiné avec un .htpasswd
Ce sont des fichiers spéciaux qui permettent de gérer l'accès au dossier web, et donc de gérer, entre autre, une liste d'utilisateurs prédéfinie. De plus heureusement que tu as précisé que tu était chez free parcequ'ils gèrent celà d'une manière différente que celle standard. Plus de renseignements ici :
http://www.aidoforum.com/tutoriaux-234-fichier-htaccess-chez-freefr.html
Bonne chance !