En fait il doit refabriquer ces doublons à chaque ouverture, et tu ne dois pas pouvoir y couper. Pour chaque contact inscrit dans une liste de diffusion, il crée un contact individuel. Cependant, si le contact existe déjà, il ne le crée pas SAUF si celui-ci apparaît de façon différente (exemple : avec des infos en plus, ou des majuscules minuscules dans le pseudo, etc...) ; alors il considèrera que c'est un contact différent, et le rajoutera (il ne se contente a priori pas de regarder l'adresse mail). Du moins, sauf erreur de ma part.
La seule solution que je vois est de faire en sorte d'avoir bien les MÊMES contacts rigoureusement entre les listes et tes contacts individuels. Donc pour chacun d'eux, vérifier celui qui pour toi est le "bon" (= avec les infos qui t'intéressent bien) ; le faire glisser dans chaque liste où il doit apparaître (pour le rajouter) ; et dans chacune de ces listes, virer le contact "pas bon". Fastidieux, surtout si tu en as beaucoup.
Méfie-toi des imports exports vers d'autres logiciels : ils peuvent ne pas avoir les mêmes champs d'information (c'est même rarement le cas), ou pas exprimés de la même façon, et il peut donc y avoir des pertes d'infos. A utiliser avec des pincettes, et si vraiment tu n'as pas d'autre solution (à moins d'avoir trouvé un autre logiciel qui soit parfaitement compatible).
Pourquoi tu retrouves ton agenda à chaque réinstallation :
Lorsque tu as créé ton profil TB, il a créé un dossier "utilisateur" (C:\Documents and Settings\ton_nom\Application Data\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default). Sont rangées dedans une foule de chose, incluant tes extensions, le contenu de tes boîtes mails, etc. Les calendriers y sont aussi (ce sont tous les fichiers avec extension .mab).
Lorsque tu désinstalles TB, les dossiers "Profiles" ne sont pas supprimés. Si tu veux vraiment tout supprimer, il faut le faire à la main (mais on perd vraiment tout alors).