Suppression définitive de fichiers

Bonjour,

Voila je sais que des logiciels comme eraser permette de supprimer des fichiers par formatage afin de les supprimer réellement du disque dur.

J'aimerais savoir s'il existe un logiciel sous ubuntu ou windows qui permet de formater l'espace disque censé être libre sur le disque dur ?, si j'ai bien compris l'emplacement de tout les fichiers que nous n'avons pas supprimé se trouve dans un registre, y a t'il un logiciel qui permet de formater un disque dur sans toucher aux emplacements présent dans ce registre ?

Cela n'éviterai de formater intégralement mon disque dur et de refaire des installations ( possédant 3 OS sur mon DD c'est un gain de temps énorme )

Merci !