Linux n'est que le noyau, GNU/Linux et sa grande majorité d'applications tirent partie de protocoles et formats libres. (OpenGL, Documents OpenOffice, HTML, Jabber...)
Il s'agit là d'un poids enorme façe à Microsoft Windows dont il est question à l'inverse d'usage de formats proprietaires fermés. (Fameux MSN ou windows live messenger ou encore DirectX...).
Le libre fait pousser des ailes aux applications, ammélioration, reprises par differentes communotées, nouvelles créations...
En utilisant des formats libres, vous pérénnisez l'évolution des logiciels les l'utilisant. Cela n'empeche pas bien sûr d'utiliser un logiciel proprietaire se basant sur un format libre.