Bonjour,
il y a le package MKVtoolnix 2.0.2 (http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/index.html ) compilé pour windows. Lance "mkvinfo -g" qui donne un interface graphique.
qui te montrera l'existence ou pas de fichiers de sous-titres dans ton fichiers mkv. S_TEXT/UTF8 indique des sous-titres au format SRT, plus souvent utilisés que SUB. Tu pourras les extraire avec mkvextract en mode ligne de commande, en suivrant la syntaxe décrite dans les fichiers d'aide.
_ç_§:
(.)#(.)

Reste a savoir si les sous titres sont incrustés directement sur l'image ou bien a part dans un fichier.
Le plus facile pour le savoir, ouvre ton fichier mkv avec vlc, clique sur video et regarde si une option apparait comme piste des sous-titres.
Si oui alors tu as mal chercher dans ton fichier mkv; si non alors les sous titres sont incrustés a l'image et donc irrecuperables.
Je reponds tard a ta demande et j'espere que tu as trouvé depuis.