Cela dépend fondamentalement de la façon dont sont gérer les boites email sur votre serveur. Sur un serveur unix/linux classique utilisant sendmail, il existe une boite pour chaque utilisateur du système, c'est à dire pour chaque utilisateur enregistré dans le "passwd".
Une telle boite est créer simplement lors de l'ajout de l'utilisateur au système. Chose qu'il est totalement impossible de faire avec PHP à moins d'être totalement suicidaire.
Le serveur POP3 en lui même ne permet pas de créer des comptes email, il se greffe sur ceux qui existent.
Maintenant peut-être existe-t-il des serveurs smtp qui prennent en compte la possibilité de créer des comptes à distance via un protocole sécurisé quelconque, je l'ignore.
Du point de vue sécurité ce que vous projetez de faire est de plus hautement dangereux. Pourquoi ne pas utiliser la bonne vieille méthode du shell ssh ?