C'est sans problème !
Un CGI n'est rien d'autre qu'un programme en ligne de commande qui lis les variables d'environnement et écrit du HTML (ou autre) sur la sortie standard.
On peut donc faire des CGI en n'importe quoi (shell, awk, perl, Python, basic, c, c++, bat...).
Va voir dans la configuration de ton serveur web: tu peux spécifier quels fichiers ou répertoire doivent être considérés comme CGI et exécutés (et non pas envoyé à l'internaute).
Le serveur HTTP exécutera les programme en leur passant les paramètres dans l'environnement (URL, adresse IP, paramètres, formulaires...)
Je présume que tu utilises Apache ?
Il y a des exemples (dont un en perl):
http://httpd.apache.org/docs/howto/cgi.html.html
mais rien ne t'empêche de le faire en simple script shell.