Excellente question !

C'est en effet un sacré problème.

Contrairement à ce qu'on pourrait penser, CD et DVD ne sont pas forcément le meilleur choix.
Il faut savoir qu'il se dégradent dans le temps (contact de l'air, contact avec les solvants présents dans les boitier plastiques, dégradation dûe à la chaleur et la lumière, etc.).
Ils ne sont donc pas le meilleur choix.

Certaines entreprises proposent également le pressage de CD/DVD non plus en plastique mais en céramique, mais on a aucun recule sur la pérénnité de ces supports.


Les disques magnéto-optiques semblent plus pérennes (ils sont très stables), mais plus chers.


Les bandes magnétiques (DLT, DAT) on l'avantage d'une grosse capacité de stockage (entre 15 et 300 Go), quitte à re-transférer régulièrement pour s'assurer quelles sont en bon état.



Penser aussi aux codes Reed-Solomon, qui permettent de corriger les erreurs des support (voir QuickPar, par exemple).
Certains support utilisent déjà des codes correcteurs d'erreur plus ou moins avancés, mais il peut être utile d'en ajouter.



Quelques pistes: http://en.wikipedia.org/wiki/Computer_storage