Il sembelrait que tous ces problèmes soient liés, je résume donc.
Quand la mule (ou tout autre prog en P2P) a fini son téléchargement, elle se retrouve avec plein de petits morceaux de fichier (clusters) qu'elle regroupe et compile toute seule, histoire de faire qu'un seul fichier tout propre.
Après quoi elle va chercher à enregistrer ledit fichier dans un répertoire défini à l'avance par l'utilisateur.
Ce répertoire s'appellera par défaut incoming et sera situé dans C:/incoming.
Lorsqu'eMule vous dit que ce répertoire n'est pas accessible, c'est peut être que votre répertoire incoming n'existe pas (vérifiez avec l'explorateur vite fait), créer ce dossier (allez sur le disque c:, clic droit et nouveau->dossier à renommer) règlera ce détail.
Dans tous les cas, vérifiez que votre répertoire de destination n'est pas réglé par défaut sur un disque dur/mémoire amovible et n'hésitez pas à le renommer sous emule, voire réinstaller une version récente d'eMule pour régler certains détails.
A ceux pour qui le problème persiste, courage :P