Salut,
pour tes questions de librairies ajouter via eclipse, normalement elles sont encapsuler dans le fichier jar il me semble. Par contre si ton prog fait appel a des librairie externe alors tu devras installer eclipse sur linux.
Concernant le repertoire sur ta machine windows un montage samba sur ta machine linux devrait faire l'affaire.
fais un
man java
pour de plus ample information sur cette commande
« L'ennemi est bête : il croit que c'est nous l'ennemi alors que c'est lui ! » - Pierre Desproge