Pour ce qui est des domaines, il faut imaginer cela comme une arborescence parents, enfants.
C-à-d que une controleur de domaine secondaire est enfant du controleur primaire. S'il s'agit d'une PME, je ne pense pas que tu aie besoin de t'occuper des controleurs de domaine secondaire. Ce dernier est généralement utilisé pour la gestion de sites distants ou de service biens distincts dans l'entreprise (je parle la d'une grande entreprise).
Sinon comme le dit foobar47, le mieux est que tu te renseigne un maximum avant de faire quoi que ce soit, que tu sauvegarde toutes les données, et ensuite avant de passer à l'action, établir un cahier des charges sur lequel figureront les adresses ip, les comptes, mots de passes et droits de chaque utilisateur...
Enfin, si c'est possible, étant donné que c'est la première fois que tu fais ça, teste le d'abord sur une machine qui ne craint rien, et refait le sur le seuveur. (Système 2000 ou 2003 server obligatoire. Faisable sous Linux avec Samba mais un peu plus compliqué).
Voila, sur ce, bon courage et n'hésite pas a poser d'autres questions si nécessaire. ;)